김충기의 어머니 역시 원당 침례교회의 이러한 교회의 입장에 순종하여 신사참배를 거부하고 주일에 등교를 하거나 황궁 요배를 하지 말라고 가르쳤다. 이것은 원당침례교회뿐 아니라 전체 동아 기독교인들이 모두 그렇게 한 일이었다. 그러나 1940년부터 태평양 전쟁을 일으킨 일본은 조직적으로 교회 탄압을 시작했다. 1914년에는 제1차 원산 사건이 일어났는데, 원산의 일본 헌병대가 원산의 동아기독교를 수색하여 침례교 신약전서 6500권과 복음 찬미 500부를 소각하고 교단의 중요 서류를 압수한것이었다. 1942년 2차 원산 사건이 일어났는데, 이것은 신사 참배를 거부하는 동아 기독교의 지도자 32명을 구속한 사건이었다.

  일제의 함흥재판소는 1944년 5월10일에 동아기독교에 대하여 교단 해체령을 공포했다.

  원당침례교회 역시 교단 해체령의 영향으로 교회 종탑을 빼앗기게 되었다.