병원에서 퇴원한 청년 김충기는 서원한대로 신학교에 입학했다.
당시 대전역 앞 명월관 자리에 세워진 '중동성경학원(현 침례신학대학교의 모체)' 별과에 입학한 것이다. 일제 식민지 시대를 거치고 6.25전쟁이 끝난 직후였기 때문에 학교 운영이 제대로 이루어지지 않아 신학공부는 침례교 선교부에서 지원하는 것으로 이루어졌고,
선교사들의 통역 강의를 받던 시기였다. 시대적으로나 교단적으로도 곤혹스러웠고 암울했던 시대요 교단에 대한 장래의 소망도 갖지 못했던 때였으나, 김충기는 오직 하나님에 대한 소망만을 가지고 신학 공부를 하고 교회를 섬겼다.