1989년 9월 기독교 한국침례회 총회장으로 취임했는데 이 시기에 김충기 목사가 총회장에 당선된 것은 90년에 서울에서 있을 침례교세계대회를 위한 준비작업이기도했다. 침례교 세계대회는 한국 침례교의 성장과 발전을 기약할 수 있는 좋은 기회이기에 침례교의 복과 덕이 될 수 있는 일꾼을 뽑아야 했다. 그렇기에 모든 목사들이 김충기 목사를 한결같이 지목했던 것이다.