이런 그에게 그랜드캐년대학교와 댈러스침례대학교는 명예신학박사 학위를 수여했으며, 2001년 5월29일 그의 모교인 침례신학대학교는 개교 47주년을 맞이하는 기념예배에서 최초로 명예신학박사 학위를 수여했다. 그 자리에 함께 한 가족들과 선후배 목사들, 그리고 여러 지인들 앞에서 김충기 목사의 인사말은 짧았다.

  "작고 작은 저를 써 주신 하나님께 감사드립니다. 교수님과 선후배 목사님, 그리고 많은 신학생들에게 감사의 인사를 전합니다. 참석한 모든 후배들에게 감사합니다."